Spanair se fundó en diciembre de 1986 en una asociación conjunta entre SAS y Teinver, pero no fue hasta el 31 de marzo de 1988 cuando comenzaron las operaciones de vuelo, con un McDonnell Douglas MD-83 llamado "Sunrise" con base en Palma que despegó hacia Bilbao. Inicialmente Spanair era una aerolínea 100% chárter dedicada al transporte de turistas a España, principalmente a Baleares y Canarias. Ese mismo año, Spanair incorporaría a su flota el MD80, avión que se convertiría en el grueso de la flota a lo largo de toda su historia en sus tres versiones alargadas, MD81, MD82 y MD83.

En 1991 y ante la gran demanda de asientos Spanair recibe dos B767-300 directamente de la fábrica de Boeing, lo que convertiría a la aerolínea en la primera en España en operar este modelo, después le seguirían Air Europa y Privielege Style entre otras.

En 1994 cambia totalmente el panorama de la aviación española. Con la liberación del espacio aéreo, se pone fin al monopolio del grupo Iberia (Iberia, Aviaco y Binter). Spanair decide saltar al mercado regular nacional, haciéndolo poco después también en el internacional. Durante esta etapa, se crea también su propio servicio de asistencia en tierra, que acabaría convirtiéndose en Newco, así como su propia división de venta de billetes. Es durante esta etapa también cuando Spanair actualiza su imagen corporativa.

En 1997 la aerolínea da el salto al mercado intercontinental, inaugurando con Washington como primer destino desde Madrid. Más adelante, se le sumarían otros destinos como Nueva York, La Habana, Buenos Aires, Sao Paolo... Para cubrir la creciente demanda en este momento de expansión, Spanair incorpora un tercer B767 alquilado a Lauda Air y hasta un total de ocho B757-200 también alquilados.

1999 y después de estudiar diversas posibilidades, Spanair firma un acuerdo con Airbus para renovar su flota de corto y medio radio por los aviones de un solo pasillo del fabricante europeo. De este modo se incorporaría el primer A321 en noviembre del 2000 y el primer A320 en diciembre del mismo año. Spanair se convertía de esta forma, en el primer operador español en contar con un A321 con ACT (Additional Center Tanks)

En el año 2000 incorporaría a través de la aerolínea AeBal (Aerolíneas de Baleares) el modelo B717 a la flota, avión que le proporcionaría flexibilidad para las rutas interislas y regionales. Más adelante, el avión acabaría incorporándose también a la propia Spanair.

Tras los atentados de 11 de septiembre Spanair, se decide cancelar todos sus vuelos intercontinentales y devolver a Lauda y la empresa de leasing los tres B767 que cubrían dichas rutas, ofreciendo como alternativa para dichas rutas vuelos de código compartido. El último de todos abandonaría la flota a finales de 2002.

Es durante esta etapa cuando Spanair implementa el check-in electrónico a través de su web y con máquinas de auto check-in en los aeropuertos, siendo así la primera aerolínea de España en incorporar esta tecnología.

El 1 de mayo de 2003, Spanair se convierte en miembro de pleno derecho de Star Alliance, la alianza de aerolíneas mas grande y prestigiosa del mundo.

Durante esta época, Spanair gozaba de buena fama y su cuota de mercado la convertía en la segunda aerolínea más importante de España.

Ante la crisis financiera de 2008, las dificultades económicas empezaron a mostrarse. En agosto de ese mismo año, un MD-82 de la compañía sufría un grave accidente en Madrid. El vuelo con destino Gran Canaria inició un leve descenso para finalmente caer, saliendo de la pista y terminando con el trágico resultado de 154 fallecidos y 18 heridos.

Ante las ya evidentes dificultades financieras de la compañía, y las propias de SAS, quien era el accionista mayoritario de la aerolínea, se decide poner Spanair a la venta. Sonaron varios nombres para hacerse con la compañía española, Marsans, Gadair… hasta la propia Iberia, algo que no se permitió por competencia.

En 2009 IEASA (Iniciatives Empresarials Aeronàutiques S.A.) adquiere el 80% de la compañía, quedando el 20% restante en manos de SAS. El grupo presenta un nuevo logotipo y centra su operativa en Barcelona, donde establece su HUB. En junio de ese mismo año Spanair inaugura oficialmente la nueva terminal T1 de Barcelona en un vuelo a Madrid.

La compañía parecía perder mercado y la turbulencia de su venta restaban credibilidad a la misma. Las continuas ayudas de la Generalidad de Cataluña a Spanair, llevaron a la asociación de aerolíneas ELFAA a demandar a Spanair ante el Comisario Europeo de Competencia por violación de la legislación europea de libre competencia.

En junio de 2011 Spanair buscaba desesperadamente una inyección de capital, poniéndose en contacto con algunas compañías del grupo Star Alliance sin demasiado interés por parte de estas. Spanair contactó con el banco francés de inversiones Lazard donde tampoco fue capaz de llegar a ningún acuerdo. En noviembre de 2011, Qatar Airways anuncia su intención de hacerse con hasta el 49% de las acciones de Spanair, con la intención de iniciar inmediatamente vuelos de largo radio desde Barcelona hacia América y Asia con aeronaves tipo A330.

El 27 de enero de 2012, Qatar Airways anuncia que no invertiría en Spanair tras la negativa de la Unión Europea de retirar las denuncias de ELFAA (donde se encontraban Vueling y Ryanair entre otras) por ayudas públicas. Esa misma tarde, la Generalitat de Catalunya decide dejar de invertir en la aerolínea.

Finalmente, el día 28 de enero de 2012 a las 02:00h Spanair decide poner fin a todas sus operaciones, aterrizando el último vuelo en Madrid procedente de A Coruña.

De este modo y con mucho dolor, se ponía fin a más de 25 años de historia de la aviación española.